基于蟻群算法的生物雙序列比對并行化方案
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標(biāo)簽：蟻群算法(13157)并行化(2835)
生物序列比對是生物信息領(lǐng)域的重要課題，比對結(jié)果的合理性和正確性關(guān)系到基于比對結(jié)果研究的正確性。在保證正確性的前提下利用并行計(jì)算充分挖掘計(jì)算潛力對提高比對效率有重要意義。針對雙序列的全局比對問題，提出了基于蟻群算法的雙序列比對并行化方案。對耗時(shí)最多的搜索比對路徑和信息素更新兩個(gè)步驟給出了基于共享內(nèi)存模型的并行化方法。“天河二號”上OpenMP實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，8線程并行情況下，加速比可達(dá)5. 03，且序列越長性能越高。
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