加速生命科學計算,賦能下一代新藥研發
近日,專用計算芯片研發與算力解決方案創新企業雪湖科技在全球超過55家參賽企業中脫穎而出,憑借“面向新藥研發的生命科學計算專用超算Yaddle”榮獲由賽靈思舉辦的“全球自適應計算挑戰賽(Adaptive Computing Challenge 2020)”亞軍,這也是中國區及生命科學領域的唯一獲獎企業?!癥addle”由雪湖科技自主設計開發,賦能下一代基于動態的藥物設計(motion-based drug design)。
雪湖科技獲“全球自適應計算挑戰賽”亞軍
傳統新藥研發主要基于蛋白質的三維結構,這一過程類似于“看照片”,僅能根據生物分子的靜態結構猜測藥物與靶點的結合,成功率低。近年來,基于蛋白質四維動力學的藥物設計方法為新藥研發提供了更多可能性。通過“看視頻”,研發人員能清晰觀察并深入了解生物分子的動態變化,發現藥物與生物分子之間的作用路徑。分子動力學模擬將成為下一代新藥研發的必備工具。
從“看照片”到“看視頻”,大規模分子動力學計算對算力提出了巨大挑戰。憑借在專用計算芯片領域深厚的積累,雪湖科技基于賽靈思強大的FPGA芯片,打造了“生命科學專用超算Yaddle”,助力藥物設計邁入“看視頻”的時代,縮短新藥研發周期,降低新藥研發風險,進一步提升藥物發現的效率?!癥addle”同時兼容常用分子動力學軟件,助力新藥研發從基于結構的藥物設計(structure-based drug design)升級到下一代基于動態的藥物設計(motion-based drug design)。
“面向新藥研發的生命科學計算專用超算Yaddle”系統架構
雪湖科技生命科學計算首席科學家盛楠博士表示:“目前,所有藥物的靶向蛋白質在基因上占比僅5%,仍有大量疾病相關蛋白質沒有靶向藥物,甚至有很多疾病的致病機理尚不清晰。隨著新藥研發步入‘算力時代’,雪湖科技計劃在年內實現‘Yaddle’的正式商用,并歡迎新藥研發領域企業攜手合作,利用下一代基于動態的藥物設計(motion-based drug design)加速新藥研發過程,為患者的生命健康帶去福音。”
“全球自適應計算挑戰賽2020”由賽靈思舉辦,賽事從2020年夏季啟動,吸引了全球頂尖FPGA開發者與創新企業參加,比拼如何借助賽靈思硬件平臺以創新技術解決現實問題。
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