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高效框架互操作性第3部分:使用E2E管道實(shí)現(xiàn)零拷貝

星星科技指導(dǎo)員 ? 來(lái)源:NVIDIA ? 作者:NVIDIA ? 2022-04-07 14:16 ? 次閱讀

介紹

高效的管道設(shè)計(jì)對(duì)數(shù)據(jù)科學(xué)家至關(guān)重要。在編寫(xiě)復(fù)雜的端到端工作流時(shí),您可以從各種構(gòu)建塊中進(jìn)行選擇,每種構(gòu)建塊都專門(mén)用于特定任務(wù)。不幸的是,在數(shù)據(jù)格式之間重復(fù)轉(zhuǎn)換容易出錯(cuò),而且會(huì)降低性能。讓我們改變這一點(diǎn)!

在本系列博客中,我們將討論高效框架互操作性的不同方面:

在第一個(gè)職位中,我們討論了不同內(nèi)存布局以及異步內(nèi)存分配的內(nèi)存池的優(yōu)缺點(diǎn),以實(shí)現(xiàn)零拷貝功能。

在第二職位中,我們強(qiáng)調(diào)了數(shù)據(jù)加載/傳輸過(guò)程中出現(xiàn)的瓶頸,以及如何使用遠(yuǎn)程直接內(nèi)存訪問(wèn)( RDMA )技術(shù)緩解這些瓶頸。

在本文中,我們將深入討論端到端管道的實(shí)現(xiàn),展示所討論的跨數(shù)據(jù)科學(xué)框架的最佳數(shù)據(jù)傳輸技術(shù)。

要了解有關(guān)框架互操作性的更多信息,請(qǐng)查看我們?cè)?NVIDIA 的 GTC 2021 年會(huì)議上的演示。

讓我們深入了解以下方面的全功能管道的實(shí)現(xiàn)細(xì)節(jié):

從普通 CSV 文件解析 20 小時(shí)連續(xù)測(cè)量的電子 CTR 心電圖( ECG )。

使用傳統(tǒng)信號(hào)處理技術(shù)將定制 ECG 流無(wú)監(jiān)督分割為單個(gè)心跳。

用于異常檢測(cè)的變分自動(dòng)編碼器( VAE )的后續(xù)培訓(xùn)。

結(jié)果的最終可視化。

對(duì)于前面的每個(gè)步驟,都使用了不同的數(shù)據(jù)科學(xué)庫(kù),因此高效的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換是一項(xiàng)至關(guān)重要的任務(wù)。最重要的是,在將數(shù)據(jù)從一個(gè)基于 GPU 的框架復(fù)制到另一個(gè)框架時(shí),應(yīng)該避免昂貴的 CPU 往返。

零拷貝操作:端到端管道

說(shuō)夠了!讓我們看看框架的互操作性。在下面,我們將逐步討論端到端管道。如果你是一個(gè)不耐煩的人,你可以直接在這里下載完整的 Jupyter 筆記本。源代碼可以在最近的RAPIDS docker 容器中執(zhí)行。

Getting started

In order to make it easier to have all those libraries up and running, we have used the RAPIDS 0.19 container on Ubuntu 18.04 as a base container, and then added a few missing libraries viapip install.

We encourage you to run this notebook on the latest RAPIDS container. Alternatively, you can also set up aconda virtual environment. In both cases, please visitRAPIDS release selectorfor installation details.

Finally, please find below the details of the container we used when creating this notebook . For reproducibility purposes, please use the following command:

foo@bar:~$ docker pull rapidsai/rapidsai-dev:21.06-cuda11.0-devel-ubuntu18.04-py3.7
foo@bar:~$ docker run --gpus all --rm -it -p 8888:8888 -p 8787:8787 -p 8786:8786 \
                      -v ~:/rapids/notebooks/host rapidsai/rapidsai-dev:21.06-cuda11.0-devel-ubuntu18.04-py3.7

步驟 1 :數(shù)據(jù)加載

在第一步中,我們下載 20 小時(shí)的 ele CTR 心電圖作為 CSV 文件,并將其寫(xiě)入磁盤(pán)(見(jiàn)單元格 1 )。之后,我們解析 CSV 文件中的 500 MB 標(biāo)量值,并使用 RAPIDS “ blazing fast CSV reader ”(參見(jiàn)單元格 2 )將其直接傳輸?shù)?GPU 。現(xiàn)在,數(shù)據(jù)駐留在 GPU 上,并將一直保留到最后。接下來(lái),我們使用cuxfilter( ku 交叉濾波器)框架繪制由 2000 萬(wàn)個(gè)標(biāo)量數(shù)據(jù)點(diǎn)組成的整個(gè)時(shí)間序列(見(jiàn)單元格 3 )。


	

圖 1 :使用 RAPIDS CSV 解析器解析逗號(hào)分隔值( CSV )。

步驟 2 :數(shù)據(jù)分割

在下一步中,我們使用傳統(tǒng)的信號(hào)處理技術(shù)將 20 小時(shí)的 ECG 分割成單個(gè)心跳。我們通過(guò)將 ECG 流與高斯分布的二階導(dǎo)數(shù)(也稱為里克爾小波)進(jìn)行卷積來(lái)實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn),以便分離原型心跳中初始峰值的相應(yīng)頻帶。使用 CuPy (一種 CUDA 加速的密集線性代數(shù)和陣列運(yùn)算庫(kù))可以方便地進(jìn)行小波采樣和基于 FFT 的卷積運(yùn)算。直接結(jié)果是,存儲(chǔ) ECG 數(shù)據(jù)的 RAPIDS cuDF 數(shù)據(jù)幀必須使用 DLPack 作為零拷貝機(jī)制轉(zhuǎn)換為 CuPy 陣列。

圖 2 :使用 CuPy 將 ele CTR 心圖( ECG )流與固定寬度的 Ricker 小波卷積。

卷積的特征響應(yīng)(結(jié)果)測(cè)量流中每個(gè)位置的固定頻率內(nèi)容的存在。請(qǐng)注意,我們選擇小波的方式使局部最大值對(duì)應(yīng)于心跳的初始峰值。

view rawCell040506.ipynb hosted with ? by GitHub

步驟 3 :局部極大值檢測(cè)

在下一步中,我們使用非最大抑制( NMS )的 1D 變體將這些極值點(diǎn)映射到二進(jìn)制門(mén)。 NMS 確定流中每個(gè)位置的對(duì)應(yīng)值是否為預(yù)定義窗口(鄰域)中的最大值。這個(gè)令人尷尬的并行問(wèn)題的 CUDA 實(shí)現(xiàn)非常簡(jiǎn)單。在我們的示例中,我們使用即時(shí)編譯器 Numba 實(shí)現(xiàn)無(wú)縫的 Python 集成。 Numba 和 Cupy 都將 CUDA 陣列接口實(shí)現(xiàn)為零拷貝機(jī)制,因此可以完全避免從 Cupy 陣列到 Numba 設(shè)備陣列的顯式轉(zhuǎn)換。

圖 3 :使用 Numba JIT 的 1D 非最大抑制和嵌入心跳。

每個(gè)心跳的長(zhǎng)度是通過(guò)計(jì)算門(mén)位置的相鄰差分(有限階導(dǎo)數(shù))來(lái)確定的。我們通過(guò)使用謂詞門(mén)== 1 過(guò)濾索引域,然后調(diào)用 cupy 。 diff ()來(lái)實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)。得到的直方圖描述了長(zhǎng)度分布。

聲明:本文內(nèi)容及配圖由入駐作者撰寫(xiě)或者入駐合作網(wǎng)站授權(quán)轉(zhuǎn)載。文章觀點(diǎn)僅代表作者本人,不代表電子發(fā)燒友網(wǎng)立場(chǎng)。文章及其配圖僅供工程師學(xué)習(xí)之用,如有內(nèi)容侵權(quán)或者其他違規(guī)問(wèn)題,請(qǐng)聯(lián)系本站處理。 舉報(bào)投訴
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