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如何利用DPU加速Spark大數據處理? | 總結篇

中科馭數 ? 來源:中科馭數 ? 作者:中科馭數 ? 2024-04-02 13:45 ? 次閱讀

一、總體介紹

1.1 背景介紹

近年來,隨著存儲硬件的革新與網絡技術的突飛猛進,如NVMe SSD和超高速網絡接口的普及應用,I/O性能瓶頸已得到顯著改善。然而,在2020年及以后的技術背景下,盡管SSD速度通過NVMe接口得到了大幅提升,并且網絡傳輸速率也進入了新的高度,但CPU主頻發展并未保持同等步調,3GHz左右的核心頻率已成為常態。

在當前背景下Apache Spark等大數據處理工具中,盡管存儲和網絡性能的提升極大地減少了數據讀取和傳輸的時間消耗,但Apache Spark框架基于類火山模型的行式處理,在執行復雜查詢、迭代計算時對現代CPU并行計算特性和向量化計算優勢的利用率仍然有待提高。同時,傳統TCP/IP網絡通信模式下,CPU承擔了大量的協議解析、包構建和錯誤處理任務,進一步降低了整體數據處理效率,這導致Apache Spark 在實際運行中并沒有達到網絡、磁盤、CPU的IO瓶頸。

1.2 挑戰和困難

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在Apache Spark的數據處理流程中,如上圖所示,整個過程從數據源開始,首先經歷數據加載階段。Spark作業啟動時,任務被分配到各個運算節點(executor),它們從諸如HDFS、S3(Amazon Simple Storage Service)或其他支持的存儲系統中高效地獲取數據。

一旦數據成功加載至內存或磁盤上,運算節點首先開始數據的解壓縮工作,然后執行相應的計算操作,例如map、filter、reduceByKey等轉換操作。

接下來,在執行涉及不同分區間數據交換的操作(如join、groupByKey)時,Spark會觸發Shuffle階段。在這個階段,各個executor將計算后的中間結果按照特定鍵值進行排序,并通過網絡傳輸至其他executor,以便進行進一步的合并和聚集操作。

完成Shuffle后,數據再次經過一輪或多輪計算處理,以產出最終結果。當所有任務完成后,結果數據會被壓縮后寫回目標存儲系統,如HDFS、數據庫或其他外部服務,從而完成整個數據處理生命周期。

綜上所述,在Apache Spark的數據處理過程中,盡管其設計高度優化,但仍面臨多個技術挑戰:

首先,傳統硬件中,數據傳輸需要CPU解碼并通過PCIe總線多次搬運至內存和硬件,使用反彈緩沖區,雖然是臨時存儲但也增加復雜度與延遲;列式存儲(Parquet、ORC)高效壓縮同類數據減少I/O,但讀取時的解壓和編解碼操作加重了CPU負擔,尤其在僅需處理部分列時效率下降;Apache Spark采用行式處理,如DataSourceScanExec按行掃描可能導致冗余加載,并因頻繁調用“next”及虛函數引發CPU中斷,全行掃描對部分列查詢性能損耗顯著。

其次,隨著數據量不斷激增以及IO技術的提升,基于CPU的優化帶來的收益越來越不明顯,傳統的CPU算力逐漸成為計算瓶頸。在涉及特定算子操作時,性能問題尤為突出。例如,高散列度數據的 join,高散列度數據的 aggregate。在執行join操作時,尤其當采用基于哈希的join策略時,因為數據散列程度越高,哈希計算的負載就越大,對CPU和內存的計算能力要求也就越高。哈希計算是一個計算密集型任務,需要CPU執行大量的計算操作,并且可能涉及到內存的讀取和寫入。當數據散列程度較高時,哈希計算的復雜度增加,可能導致CPU和內存的使用率增加,從而影響系統的整體性能。其次,數據散列程度較高可能會增加哈希沖突的概率,進而影響內存的使用效率。當哈希沖突較多時,可能需要額外的操作來解決沖突,例如使用鏈表或者開放地址法來處理沖突。這些額外的操作可能會占用額外的內存空間,并且增加內存的讀寫次數,從而降低內存的使用效率。

此外,Shuffle作為Spark計算框架中決定整體性能的關鍵環節之一,其內部包含了多次序列化與反序列化過程、跨節點網絡傳輸以及磁盤IO操作等復雜行為。這些操作不僅增加了系統開銷,而且可能導致數據局部性的喪失,進一步拖慢整個任務的執行速度。因此,如何優化Shuffle過程,減小其對系統資源的影響,是Spark性能調優的重要方向。

因此,面對硬件條件的新格局,開發者不僅需要深入研究如何優化Apache Spark內部機制以適應大規模并行計算需求,還應探索將特定類型的數據運算任務轉移到諸如GPUFPGA或其他專用加速器等更高效能的硬件上,從而在CPU資源有限的情況下,實現更高層次的大數據處理性能提升。

二、整體方案

我們采用軟硬件結合方式,無侵入式的集成Apache Spark,并在Spark數據計算全鏈路的3大方面都進行了全面提升和加速。

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「數據加載」方面,自研的DPU數據加載引擎直讀硬件存儲的數據到計算卡中,優化掉大量的內存與加速卡的PCIe數據傳輸性能損耗,同時在計算卡中進行數據的解壓縮計算。同理在最后的結果輸出階段,也在計算卡中進行數據壓縮。

「離線計算」方面,自研的DPU計算引擎擁有強大的計算能力、容錯能力、并滿足 Spark 引擎日益復雜的離線處理場景和機器學習場景。

「數據傳輸」方面,采用基于遠程直接內存訪問(RDMA)技術,以提高集群間的數據傳輸效率。

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三、核心加速階段

加速階段如下圖所示,核心數據加速分為四個部分,分別為 1.數據讀取階段;2.任務處理階段;3.Shuffle數據傳輸階段;4.數據輸出階段。

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3.1數據加載階段

3.1.1 面臨挑戰

在Apache Spark的數據處理流程中,數據加載階段是整個ELT(Extract, Load, Transform)作業的關鍵起始步驟。首先,當從傳統硬件架構的數據源加載本地數據時,面臨如下挑戰:

數據傳輸瓶頸:在傳統的硬件體系結構中,數據加載過程涉及到多次通過CPU和PCIe總線的搬運操作。具體而言,每一份數據需要先從數據源經過CPU解碼并通過PCIe通道傳輸至系統內存,然后再次經由CPU控制并經過PCIe接口發送到特定硬件如GPU進行進一步處理。在此過程中,“反彈緩沖區”作為臨時存儲區域,在系統內存中起到了橋接不同設備間數據傳輸的作用,但這也會增加數據搬移的復雜性和潛在延遲。

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列式存儲的優勢與挑戰:在大數據環境中,列式存儲格式如Parquet和ORC等被廣泛采用,因其高效性而備受青睞。由于同一列中的數據類型相同,可以實現高效的壓縮率,并且內存訪問模式相對線性,從而減少I/O開銷。然而,這也帶來了問題,即在讀取數據前必須進行解壓縮處理,這無疑增加了CPU額外的計算負擔,尤其是在需要對部分列進行運算的情況下。

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行式處理效率考量:在早期版本或某些特定場景下,Apache Spark在執行物理計劃時傾向于行式處理數據。例如DataSourceScanExec算子負責底層數據源掃描,其默認按行讀取數據,這種策略可能導致不必要的列數據冗余加載及頻繁調用“next”方法獲取下一行記錄。這一過程中,大量的虛函數調用可能引發CPU中斷,降低了處理效率,特別是在僅關注部分列時,會因為全行掃描而引入額外的性能損失。

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在數據壓縮解壓縮過程中,壓縮解壓縮策略選擇階段是整個過程的開始。傳統的硬件體系結構中,數據的壓縮和解壓縮過程通常只能依賴CPU完成,沒有其他策略可以選擇,從而無法利用GPU、DPU等其他處理器資源。這種局限性導致數據壓縮解壓縮過程會大量占用CPU資源,同時,與DPU相比,CPU的并行處理能力相對較弱,無法充分發揮硬件資源的潛力。在大規模數據處理的場景下,數據壓縮解壓縮過程可能成為CPU的瓶頸,導致系統性能下降。此外,由于數據壓縮解壓縮是一個計算密集型任務,當系統中同時存在其他需要CPU資源的任務時,壓縮解壓縮過程可能會與其他任務產生競爭,進一步加劇了CPU資源的緊張程度,導致系統整體的響應速度變慢。

3.1.2 解決方案與原理

在DPU(Data Processing Unit)架構設計中,采用了一種直接內存訪問(DMA)技術,該技術構建了從DPU內存到存儲設備之間直接的數據傳輸路徑。相較于傳統的數據讀取方式,DMA機制有效地消除了CPU及其回彈緩沖區作為中間環節的必要性,從而顯著提升了系統的數據傳輸帶寬,并減少了由數據中轉造成的CPU延遲以及利用率壓力。

具體而言,在DPU系統內部或與之緊密集成的存儲設備(例如NVMe SSD)上,內置了支持DMA功能的引擎,允許數據塊以高效、直接的方式在存儲介質與DPU內存之間進行雙向傳遞。為了確保這一過程的精確執行,系統精心設計了針對DMA操作的專用機制和緩存管理策略,其中包含了由存儲驅動程序發起的DMA回調函數,用于驗證并轉換DPU內存中的虛擬地址至物理地址,進而保證數據能夠準確無誤地從NVMe設備復制到DPU指定的內存區域。

當應用程序通過虛擬文件系統(VFS)向底層硬件提交DPU緩沖區地址作為DMA目標位置時,用戶空間庫將捕獲這些特定于DPU的緩沖區地址,并將其替換為原本提交給VFS的代理CPU緩沖區地址。在實際執行DMA操作之前,運行于DPU環境的軟件會在適當的時機調用相關接口,識別出原始的CPU緩沖區地址,并重新提供有效的DPU緩沖區地址,以便DMA操作能正確且高效地進行。由此,在不增加CPU處理負擔的前提下,實現了NVMe設備與DPU內存間數據塊遷移的高度優化流程。

3.1.3 優勢與效果

吞吐提升:CPU的PCIe吞吐可能低于DPU的吞吐能力。這種差異是由于基于服務器的PCIe拓撲到CPU的PCIe路徑較少。如圖所示DPU支持直接數據路徑(綠色),而非通過CPU中的反彈緩沖區間接讀取的路徑(紅色)。這可以提高帶寬、降低延遲并減少CPU和DPU吞吐量負載。

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降低延遲:DPU直讀數據路徑只有一個副本,直接從源到目標。如果CPU執行數據移動,則延遲可能會受到CPU可用性沖突的影響,這可能會導致抖動。DPU緩解了這些延遲問題。

提升CPU利用率:如果使用CPU移動數據,則投入到數據搬運的CPU利用率會增加,并干擾CPU上的其余工作。使用DPU可減少CPU在數據搬用的工作負載,使應用程序代碼能夠在更短的時間內運行。

解壓縮:DPU讀取parquet文件的同時會將文件解壓,不用通過CPU進行編譯碼與解壓計算,直接進行謂詞下推減少讀取數據量從而提升數據讀取效率。

更適合列式處理數據結構:列式數據結構在運算中有更好的性能,有利于Spark的Catalyst優化器做出更加智能的決策,如過濾條件下推、列剪枝等,減少了不必要的計算和數據移動。在執行階段會對列式數據進行向量化操作,將多條記錄打包成一個批次進行處理,提升運算效率。

3.2離線計算階段

3.2.1 面臨挑戰

2015年基于Spark Summit調研顯示,2010年硬件的基本情況是存50+MB/s(HDD),網絡是1Gpbs,CPU是~3GHz;五年后,存儲和網絡都有了10倍以上的提升,但是CPU卻并沒有什么變化。

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2020年,硬件的變化讓io性能有了進一步提升。SSD有了NVMe接口,同時有了超高速網絡,但CPU仍然是3赫茲。那么當下我們的挑戰是在這樣的硬件條件下,如何最大化CPU性能,如何使用更高效的硬件替代CPU進行專業數據運算。

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3.2.2 解決方案與原理

我們考慮如何將具有高性能計算能力的DPU用到 Spark 里來,從而提升 Spark 的計算性能,突破 CPU 瓶頸。接下來將介紹DPU計算引擎:

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上圖是DPU的整體設計。目前支持的算子覆蓋Spark生產環境常用算子,包括Scan、Filter、Project、Union、Hash Aggregation、Sort、Join、Exchange等。表達式方面,我們開發了目前生產環境常用的布爾函數、Sum/Count/AVG/Max/Min等聚合函數。

在整個流轉過程中,RACE Plugin層起到承上啟下的關系:

1. 最核心的是Plan Conversion組件,在Spark優化 Physical Plan時,會應用一批規則,Race通過插入的自定義規則可以攔截到優化后的Physical Plan,如果發現當前算子上的所有表達式可以下推給DPU,那么替換Spark原生算子為相應的可以在DPU上執行的自定義算子,由HADOS將其下推給DPU 來執行并返回結果。

2. Fallback組件,Spark支持的Operator和Expression非常多,在Race研發初期,無法 100% 覆蓋 Spark 查詢執行計劃中的算子和表達式,因此 Race必須有先前兼容回退執行的能力。

3. Strategy組件, 因為fallback 這個 operator 前后插入行轉列、列轉行的算子。因為這兩次轉換對整個執行的過程的性能損耗是很大的。針對這種情況,最穩妥的方式就是整個子樹Query全部回退到CPU,而選擇哪些情況下執行這個操作至關重要。

4. Metric組件,Race會收集DPU執行過程中的指標統計,然后上報給Spark的Metrics System做展示、Debug、API調用。

3.2.3 優勢與效果

通過Spark Plugin機制成功地將Spark計算任務卸載至DPU上執行,充分利用了DPU強大的計算處理能力,有效解決了CPU在復雜數據處理中的性能瓶頸問題。經過一系列詳盡的測試與驗證,在TPC-DS基準測試中99條SQL語句的執行表現顯著提升:

顯著提高查詢性能:本方案在相同硬件條件下,使得單個查詢的執行時間最多可縮短到原來的四分之一左右,即最高性能提升達到4.48倍;而在表達式操作層面,性能優化效果更為突出,某些情況下甚至能提升至原始速度的8.47倍。

算子級加速明顯:在對關鍵算子如Filter和哈希聚合操作進行評估時,相較于原生Spark解決方案,Filter算子的執行效率提升了高達43倍,而哈希聚合算子性能也提升了13倍。這得益于我們減少了列式數據轉換為行式數據的額外開銷,以及DPU硬件層面對運算密集型任務的強大加速作用。

大幅度降低CPU資源占用:通過DPU加速卸載后,系統資源利用率得到顯著改善。在TPC-DS測試場景下,CPU平均使用率從60%大幅下降至5%,釋放出更多CPU資源用于其他業務邏輯處理,增強了系統的整體并發能力和響應速度。

3.3數據傳輸階段

3.3.1 面臨挑戰

在Apache Spark的數據處理框架中,Shuffle階段扮演著至關重要的角色,然而,該過程因其涉及大規模數據在網絡中的傳輸而顯著增加了執行時間,容易成為制約Spark作業性能的關鍵瓶頸環節。傳統的網絡通信機制在 Shuffle 過程中的表現不盡如人意。具體表現為:

· 數據的發送和接收過程中,操作系統內核參與了必要的管理與調度工作,這一介入導致了額外的延遲開銷。每個數據單元在經過操作系統的網絡協議棧進行傳遞時,需歷經多次上下文切換以及數據復制操作,這些都無形中加重了系統負擔。

· 另一方面,在基于傳統TCP/IP等網絡協議的通信模式下,CPU需要承擔大量的協議解析、包構建及錯誤處理等任務,這不僅大量消耗了寶貴的計算資源,而且對通信延遲產生了不利影響,進一步降低了整體的數據處理效率。

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3.3.2 解決方案與原理

將RDMA技術應用于Apache Spark,尤其是在Shuffle過程中,可以大幅度減輕網絡瓶頸帶來的影響。通過利用RDMA的高帶寬和低延遲特性,Spark的數據處理性能有望得到顯著的提升。

RDMA技術允許網絡設備直接訪問應用程序內存空間,實現了內核旁路(kernel bypass)。這意味著數據可以直接從發送方的內存傳輸到接收方的內存,無需CPU介入,減少了傳輸過程中的延遲。如下圖所示。

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3.2.3 優勢與效果

在該方案中,Netty客戶端被RDMA客戶端所取代,并充分利用了RDMA單邊操作的特性。具體實現時,磁盤數據通過內存映射(MMAP)技術加載至用戶空間內存,此后,客戶端利用RDMA能力在網絡層面執行直接內存訪問操作。這一改進避免了數據在操作系統內核內存和網絡接口間多次復制,從而提高了數據傳輸速度、降低了延遲并減輕了CPU負載。

數據傳輸效率提升:得益于RDMA的低延遲與高帶寬優勢,Spark中的數據處理速率顯著提高。這是因為RDMA能夠實現在網絡設備與應用內存之間的直接數據傳輸,減少了對CPU的依賴,進而降低了數據傳輸過程中的延時。

CPU占用率降低:RDMA的Kernel Bypass特性使得數據可以直接從內存繞過內核進行傳輸,這不僅大大減少了CPU在數據傳輸階段的工作負擔,而且提升了CPU資源的有效利用率,釋放出更多計算資源用于Spark的核心計算任務。

端到端處理時間縮短:對比傳統TCP傳輸方式,在多項性能測試中,采用RDMA的方案明顯縮短了端到端的數據處理時間,這意味著整體數據處理流程更加高效,能夠在更短的時間內完成相同規模的計算任務。

Shuffle階段性能優化:在Apache Spark框架中,Shuffle階段是一個關鍵且對性能影響較大的環節。借助RDMA減少數據傳輸和處理所需時間的優勢,有效地優化了Shuffle階段的性能表現,從而全面提升整個數據處理流程的效率。

大規模數據處理能力增強:對于處理大規模數據集的場景,RDMA所提供的高效數據傳輸及低延遲特性尤為重要。它確保Spark能在更高效地處理大量數據的同時,提高了大規模數據處理任務的可擴展性和處理效率。

值得注意的是,在多種實際應用場景下,使用RDMA通常能夠帶來大約10%左右的性能提升效果。然而,具體的加速效果會受到業務邏輯復雜性、數據處理工作負載特性的綜合影響,因此可能有所波動。

四、加速效果

4.1端到端整體加速效果

在嚴格的單機單線程本地(local)模式測試環境下,未使用RDMA技術,針對1TB規模的數據集,通過對比分析TPC-DS基準測試SQL語句執行時間,其中有5條語句的E2E(由driver端提交任務到driver接收輸出結果的時間)執行時間得到了顯著提升,提升比例均超過2倍,最高可達到4.56倍提升。

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4.2運算符加速效果

進一步聚焦于運算符層面的性能改進,在對DPU加速方案與Spark原生運算符進行比較時,觀察到運算符執行效率的最大提升比率達到9.97倍。這一顯著的加速效果主要源于DPU硬件層面的優化設計和高效運算能力。

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4.3算子加速效果

在遵循TPC-DS基準測試標準的前提下,相較于未經優化的原生Spark解決方案,本方案在關鍵算子性能方面實現了顯著提升。根據測試數據表明,Filter算子的執行效率提升了43倍,而哈希聚合算子的處理速率也提高了13倍之多。這一顯著性能飛躍的取得,主要歸因于方案深入挖掘并有效利用了DPU所具備的強大計算能力和并行處理特性,從而大幅縮短了相關算子的執行時間,并提升了整個系統的運算效能。通過這種優化措施,不僅確保了在復雜查詢和大數據處理任務中更高的響應速度,同時也驗證了結合現代硬件技術對Spark性能進行深度優化的有效性和可行性。

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4.4 RDMA加速效果

在實際應用環境中,RDMA(Remote Direct Memory Access)技術展現出顯著的性能提升效果。通過直接訪問遠程內存而無需CPU過多介入,RDMA能夠極大地減少數據傳輸過程中的延遲和CPU占用率,在多個不同場景中實現至少10%以上的性能增長。這一優勢體現在網絡密集型操作中尤為明顯,如大規模分布式系統間的通信與數據交換。

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4.5 壓縮解壓縮加速效果

基于目前HADOS-RACE已經實現的Snappy壓縮解壓縮方案,制定了對應的性能測試計劃。首先生成snappy測試數據,使用基于CPU和DPU的Spark分別對數據進行處理,記錄各自的Snappy壓縮解壓縮階段和Spark整體端到端的耗時和吞吐。執行的測試語句為:select * from table where a1 is not null and a2 is not null(盡量減少中間的計算過程,突出Snappy壓縮解壓縮的過程)。

單獨分析Snappy壓縮解壓縮階段,基于CPU的Snappy解壓縮,吞吐量為300MB/s。而將解壓縮任務卸載到DPU后,DPU核內計算的吞吐量可達到1585MB/s??梢钥吹剑贒PU進行Snappy解壓縮,相比基于CPU進行Snappy解壓縮,性能可提升約5倍。

基于CPU的Spark計算過程總體比基于DPU的Spark計算過程耗時減少了約50%。相當于基于DPU的端到端執行性能是基于CPU端到端性能的兩倍。詳細測試結果如下所示:

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五、未來規劃

5.1 現有優勢

性能方面,得益于DPU做算力卸載的高效性,相對于社區版本Spark具備較為明顯的優勢,尤其是單機場景下,該場景下由于更偏重于純算力,優勢更加明顯。

資源方面,得益于更優秀的數據結構設計,在內存、IO和網絡資源使用上,都具備不同程度的優勢,特別是內存資源上,較社區版本Spark優勢明顯。

5.2 現有不足

· 集群場景下性能提升較單機場景減弱,網絡傳輸的性能損耗削弱了整體性能提升能力。

· 功能覆蓋上,目前主要圍繞TPC-DS場景以及一些客戶提出的業務場景,未來還需要覆蓋更多的業務場景。

5.3 未來規劃

· 優化和完善現有架構,繼續完善基礎功能覆蓋。

· 未來計劃在加速純計算場景的同時,也同步引入更多維度的加速方案(如存儲加速、網絡加速),提升集群模式下的加速性能。

· 除了加速Spark,也同步探索更多的加速場景,如實時大數據、AI算法場景加速。

審核編輯 黃宇

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