艾倫細胞科學研究所(Allen Institute for Cell Science)由微軟聯合創始人Paul Allen在西雅圖成立,其研究人員創建了第一個針對人類活細胞的可預測3D模型。借助此模型,科學家可以在計算機屏幕上以數字化的方式呈現、甚至控制細胞行為。
“這是迄今為止科學界中最令我驚嘆的事情,”艾倫細胞科學研究所常務董事Rick Horwitz說道。“現在,我們可以三維形式在影片中動態觀察細胞的內部工作原理。”
為創建此模型,研究人員使用了NVIDIA GPU、NVIDIA DGX StationAI超級計算機和cuDNN加速PyTorch深度學習框架,使用識別原子核等細胞結構的蛋白質標簽來研究圖像。
點擊以下視頻了解此3D模型及研究人員的講解。
超越緩慢且昂貴的傳統工具
目前,科學家已經使用熒光顯微鏡(使用熒光研究物體的顯微鏡)觀察了細胞的內部結構,這個過程成本高昂、緩慢且具有破壞性。顯微鏡的成本可達數萬美元,所有蛋白質都需要特別的標注,并且熒光會破壞細胞內的DNA。
在新的模型中,研究人員使用卷積神經網絡重建3D透射光和熒光細胞圖像在大的細胞結構方面的關系。這將教會模型使用不同蛋白質和細胞器(細胞體中的微器官)的“自助”樣本構建自己的3D結構。
“這是觀察人類活細胞內部結構的全新方法,”Rick Horwitz表示。“就像第一次看到整個細胞一樣。在未來,這將影響藥物發現、疾病研究以及我們進行人體細胞基礎研究的方式。”
艾倫集成細胞模型甚至可以預測有絲分裂(或細胞分裂)事件的動態。例如核膜和細胞膜重組。在此之前,我們幾乎不可能預測此類圖像,尤其是3D圖像。
利用諸如此類的功能,對于癌癥研究、制藥以及生物技術等領域,該模型將有可能徹底改變未來的細胞研究。
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原文標題:AI賦能細胞3D建模,以全新方式探索細胞里的微觀世界
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