系統設計是根據系統分析的結果，運用系統科學的思想和方法，設計出能最大限度滿足所要求的目標 (或目的) 的新系統的過程。進行系統設計時，必須把所要設計的對象系統和圍繞該對象系統的環境共同考慮，前者稱為內部系統，后者稱為外部系統，它們之間存在著相互支持和相互制約的關系，內部系統和外部系統結合起來稱作總體系統。因此，在系統設計時必須采用內部設計與外部設計相結合的思考原則，從總體系統的功能、輸入、輸出、環境、程序、人的因素、物的媒介各方面綜合考慮，設計出整體最優的系統。進行系統設計應當采用分解、綜合與反饋的工作方法。不論多大的復雜系統，首先要分解為若干子系統或要素，分解可從結構要素、功能要求、時間序列、空間配置等方面進行，并將其特征和性能標準化，綜合成最優子系統，然后將最優子系統進行總體設計，從而得到最優系統。在這一過程中，從設計計劃開始到設計出滿意系統為止，都要進行分階段及總體綜合評價，并以此對各項工作進行修改和完善。整個設計階段是一個綜合性反饋過程。系統設計內容，包括確定系統功能、設計方針和方法，產生理想系統并作出草案，通過收集信息對草案作出修正產生可選設計方案，將系統分解為若干子系統，進行子系統和總系統的詳細設計并進行評價，對系統方案進行論證并作出性能效果預測。