我們正處于生物與醫學科學革命的風口浪尖。在生命科學領域,科學家和臨床醫師需要新一代計算能力的支持,發掘埋藏在海量復雜數據集中的有用洞察,從不斷增多的復雜數據中更快速地提取有用數據。
一個人類全基因組的測序,已經從需要幾周到可以在數小時內完成,費用也大幅下降到1000美元,而且很快還可能降低到100美元。這為人類了解最基本的生命過程打開了一扇窗,照亮了生物學的發展方向。我們有望了解疾病的形成機制,并將新藥研發工作從歷時多年、耗費數十億美元的試錯過程轉變為高效的數據驅動型工作流程。
然而,將這一愿景變為現實并非易事。我們面臨的最大難題之一,是如何有效地處理大規模測序儀生成的海量數據。目前,一臺測序儀每天可產生3TB的數據,而企業必須能夠存儲、保護和共享這些數據。一項研究估計,到2025年,人類將對1億至20億個個體基因組測序,這將產生200萬至4200萬TB的數據。
柏林自由大學的Knut Reinert教授和他的團隊正與英特爾合作,通過優化關鍵算法,以便在英特爾?多核和眾核處理器上高效運行,從而加速基因組分析。通過使用英特爾?至強?金牌6148處理器的基準測試對所取得的優勢進行量化,結果顯示,性能提升幅度達到1.6到2.7倍。優化后的代碼還可在大量內核上提供出色的可擴展性。
經過優化的SeqAn代碼利用了最新的英特爾?至強?金牌6148處理器中的高級矢量功能,性能較上一代處理器提升了1.6到2.7倍
經過優化的SeqAn代碼還可在英特爾?至強融核?眾核處理器7250的全部68個內核上提供出色的可擴展性
此外,要對“數據高峰”開展分析,必須結合龐大復雜且廣泛分布的成像、臨床、個人和環境數據集;系統和網絡必須更強大且更便宜,還必須具有充足的可擴展性,以支持不斷增長的數據量和算法復雜性。
傳統的CT和MRI掃描可提供有關骨骼和大腦血管的有用信息,但沒有太多關于軟組織的信息。彌散加權成像(DWI)通過測量水分子的自然運動來識別微結構和診斷神經回路的完整性,從而彌補了這一不足。
這項技術正在改變腦部疾病的研究和治療。哈佛醫學院放射學教授Simon Warfield利用彌散間隔成像(DCI)技術進一步改進了彌散加權成像,從而提供更細致、更準確的信息。他的團隊利用彌散間隔成像技術檢查正常大腦發育、腦震蕩、多發性硬化癥、自閉癥譜系障礙等。
每項彌散間隔成像研究可生成多達數GB的數據,最初的時候,圖像處理需要耗時40多個小時。Warfield教授和他的團隊使用英特爾?軟件工具對代碼進行了優化,現在,處理一項完整的研究僅需16分鐘,足以滿足臨床使用要求。這些經過優化的代碼包含在Insight Segmentation and Registration Toolkit*(ITK)庫中,供更多處理醫學成像數據的應用廣泛采用。
Warfield教授還在使用英特爾?工具和庫開發人工智能(AI)應用,可自動對數百幅圖像進行分類,以確定需要關注的部分。一旦這些解決方案得到大規模應用,將極大地提高我們理解、診斷和治療大腦相關疾病的能力。
讓科學探索沒有束縛,英特爾為科學家和臨床醫師提供多種資源應對挑戰,讓他們能夠快速地以更低的成本去整合和分析數據,將精力從計算機科學轉移到自己的專業學科上,讓創新應用不斷突破和落地,解決人類面臨的重大挑戰,推動生命科學領域數據驅動型創新的下一波浪潮。
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原文標題:從基因分析到大腦疾病研究,英特爾推動醫療探索和突破
文章出處:【微信號:Intelzhiin,微信公眾號:知IN】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。
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