FPGA設計有別于DSP和ARM系統，相比之下較為靈活和自由。主要是設計構思好專用管腳的電路，通用I/O的連接可以自身定義。因而，FPGA電路設計中會有一些獨特的方法能夠參照。

1.FPGA管腳兼容性設計

FPGA芯片在選擇時要盡可能挑選兼容性好的封裝。那么，在硬件電路設計時，還要考慮到怎樣兼容多種多芯片的難題。比如，EP2C8Q208C8和EP2C5Q208 這兩個規格型號的FPGA。其芯片僅有十幾個I/O管腳定義是不一樣的。在EP2C5Q208 芯片上，這幾個I/O是通用I/O管腳，而在EP2C8Q208C8芯片上，它們分別是電源和地信號。為了能確保兩個芯片在同樣的電路板上都能工作，我們就要依照EP2C5Q208 的規定 來把相匹配管腳連接到電源和地平面。由于，通用的I/O能夠連接到電源或地信號，可是電源或地信號卻不可以作為通用I/O。在同樣封裝、兼容多個型號FPGA的設計中，一般標準就是依照通用I/O數量少的芯片來設計電路。

2.依據電路合理布局來分配管腳功能

FPGA的通用I/O功能定義可以依據需求來確定。在電路圖設計的步驟中，假如可以依據PCB的合理布局來相對應的調整原理圖中FPGA的管腳定義，就可以使后期的走線工作更圓滿。比如，SDRAM芯片在FPGA的左邊。在FPGA的管腳分配時，應當把與SDRAM有關的信號分配在FPGA的左邊管腳上。那樣，就能夠確保SDRAM信號的走線間距最短，實現最好的信號完整性。

3.FPGA預設測試點

現階段FPGA提供的I/O數量愈來愈多，除開可以滿足設計需求的I/O外，也有一部分剩余I/O沒有定義。這些I/O能夠作為預留的測試點來使用。比如，在測試與FPGA相接的SDRAM工作時序情況時，用示波器精確測量 SDRAM有關管腳會很難。并且SDRAM輸出功率較高，直接精確測量會引入附加的阻抗，影響SDRAM的正常工作。假如FPGA有預留的測試點，能夠將測試的信號從FPGA內部特指到預留的測試點上。那樣既能測試到這種信號的波形，又不容易影響SDRAM的工作。假如電路測試過程中發覺必須飛線才可以解決問題，那么這些預留的測試點可以 作為飛線的過渡點。