資料介紹
人類基因組計劃的成果推動生物信息學研究的發(fā)展.基于疾病表型相似性策略尋找功能上存在聯(lián)系的致病基因,稱作“表型相似基因”,具有重要的研究價值和廣闊的應(yīng)用前景,成為一個新興的研究熱點,然而,生物醫(yī)學領(lǐng)域尚沒有利用計算機方法開展基于“基因一疾病一表型”關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的表型相似基因搜索研究.對此。利用疾病公開數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了包含基因、疾病、表型這三類異構(gòu)類型節(jié)點的疾病信息網(wǎng)絡(luò)。并設(shè)計了基于疾病信息網(wǎng)絡(luò)的相似基因搜索算法gSim-Miner.針對疾病表型數(shù)據(jù)的特點,設(shè)計了剪枝策略提高算法效率.通過在真實數(shù)據(jù)上的實驗,驗證了疾病信息網(wǎng)絡(luò)對搜索表型相似基因的適用性,以及gSim-Miner算法的有效性,執(zhí)行效率和可擴展性.
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